Используйте эстетику text
для создания настраиваемой подсказки:
library(ggplot2)
library(plotly)
p <- ggplot(mtcars,
aes(x = wt, y = qsec,
text = paste0("wt: ", round(wt), "</br></br>qsec: ", round(qsec)))) +
geom_point()
ggplotly(p, tooltip = "text")