В простейшей форме это будет работать.DisplayAlerts подавляет запросы на сохранение, а Visible необходим только в том случае, если вы хотите, чтобы это произошло.Это создаст собственный экземпляр Excel, поэтому он не должен мешать открытию любого экземпляра Excel, который в данный момент открыт.
Option Explicit
Dim objExcel : set objExcel = CreateObject("Excel.Application")
objExcel.Application.DisplayAlerts = false
objExcel.Visible = true
objExcel.Workbooks.OpenText "c:\users\TEST\desktop\tab_delimited.tsv" ,,,1,,,,,,,True,"|"
objExcel.ActiveWorkbook.SaveAs "c:\users\TEST\desktop\tab_delimited.xlsx", 51
objExcel.ActiveWorkbook.Close
set objExcel = Nothing