Нельзя изменить идентификатор варианта другим способом.Идентификатор варианта - это то, что вы отправляете в корзину-> оформить заказ, поэтому изменение его каким-либо образом исключено.
Если у вас есть свойства для вариантов, то действительно будет сложно их обновить.используя только варианты id, для этого вам придется использовать строки (положение строки line_item).
Пример:
jQuery.post('/cart/update.js', {updates: [3, 2, 1]});
Это обновит элементы в вашей корзине, чтобы иметь3, 2 и 1 шт.