В моем проекте я создал папку ресурсов и добавил туда свой template.xlsx.Я выбрал вариант Build Action до Content.И теперь после публикации моего WinForm в файлах ресурсов он развертывается как template.xlsx.deploy.
Идея файла шаблона должна быть отредактирована в будущем при необходимости.