Проблема в том, что вы помещаете два столбца в две отдельные записи в пакете, что означает, что даже если они имеют одинаковую строку, они не будут применяться атомарно.
Пакетные записи могут быть успешными или неудачными по отдельности, и тогда клиент будет повторять только неудачные записи. Если, например, одна запись завершается успешно, а другая - тайм-аут, но позже происходит молча, повторная попытка «сбойной» записи может привести к частичным результатам записи, которые вы видите.
Поэтому в python вы должны сделать что-то вроде следующего (адаптировано из cloud.google.com/bigtable/docs/samples-python-hello):
print('Writing some greetings to the table.')
greetings = ['Hello World!', 'Hello Cloud Bigtable!', 'Hello Python!']
rows = []
column1 = 'greeting1'.encode()
column1 = 'greeting2'.encode()
for i, value in enumerate(greetings):
# Note: This example uses sequential numeric IDs for simplicity,
# but this can result in poor performance in a production
# application. Since rows are stored in sorted order by key,
# sequential keys can result in poor distribution of operations
# across nodes.
#
# For more information about how to design a Bigtable schema for
# the best performance, see the documentation:
#
# https://cloud.google.com/bigtable/docs/schema-design
row_key = 'greeting{}'.format(i).encode()
row = table.row(row_key)
# **Multiple calls to 'set_cell()' are allowed on the same batch
# entry. Each entry will be applied atomically, but a separate
# 'row' in the same batch will be applied separately even if it
# shares its row key with another entry.**
row.set_cell(column_family_id,
column1,
value,
timestamp=datetime.datetime.utcnow())
row.set_cell(column_family_id,
column2,
value,
timestamp=datetime.datetime.utcnow())
rows.append(row)
table.mutate_rows(rows)