До 4.0, MySQL не поддерживал транзакции. Это уже не так. В настоящее время существует поддержка транзакций через InnoDB, один из доступных механизмов хранения.
MyISAM поддерживает целостность данных посредством, по существу, автоматической фиксации и атомарных операций, другого маршрута, а иногда и менее эффективного, но не ничего.