Можно указать совпадение подстроки с grepl
grepl(paste(A, collapse="|"), B)
#[1] FALSE TRUE FALSE
Или, если это должно быть поэлементное сравнение, можно использовать str_detect
(Векторизация по строке и шаблону)
library(stringr)
str_detect(B, A)
#[1] FALSE TRUE FALSE
Данные
A <- c("A10", "A25", "A87")
B <- c("strain A8", "strain A25", "strain A35")