Я вижу, у вас есть две таблицы стилей IFIE. Я бы начал с того, чтобы взглянуть на это и убедиться, что изменения, внесенные вами в основную таблицу стилей, не переписываются IFIE. Я бы посмотрел, что произойдет, когда вы загрузите сайт без условных таблиц стилей. Это может быть даже что-то простое, например, ваши «исправления» не работают в IE.
Удачи!