добавление информации в pheatmap - PullRequest
Новая
       35

добавление информации в pheatmap

1 голос
/ 03 июля 2019

У меня есть эти данные 

line_tab<-                

    elements   scaffold  start    end Lengths        A           B        C        D                      E                     F                 G                  
  BovB_1297  KQ417326.1    763   2186    1423 0.1565491 0.02291220 1.9857781  1.4346243          2.81754891            1.23339700         1.0394839
  BovB_3317  KQ416600.1 660334 661626    1292 0.0000000 0.02523534 0.0000000  0.1934799          0.11710299            0.06318396         0.0000000
  BovB_5130  KQ418760.1 327212 328873    1661 0.0000000 0.00000000 0.0265819  0.0000000          0.02277198            0.03686048         0.0000000
  BovB_6215  KQ417629.1 339534 340586    1052 0.0000000 0.00000000 0.8394018  1.2277020          0.43145549            0.34919346         0.2685752
  BovB_9578  KQ420742.1 157232 158657    1425 0.0000000 0.00000000 0.0000000  0.0000000          0.02654334            1.00251877         0.0000000
  BovB_9976  KQ423592.1  30989  32425    1436 0.0000000 0.02270478 0.4612034  0.3191430          0.13170009            0.24160383         0.1388863

затем я создал тепловую карту, используя pheatmap, с этим кодом 

  pheatmap(log10(line_tab+1), color = col.pal.red, 
           fontsize = 8, cluster_cols = FALSE, cluster_rows= FALSE, cellwidth = 15, cellheight = 5, 
           fontsize_row = 5, main = "LINEs length")

но я бы хотел добавить больше информации в мою тепловую карту. Я пытаюсь добавить легенду, расположенную рядом с каждой строкой, которая показывает столбец «Длина» для каждого «элемента». Не могли бы вы предложить мне, как это сделать?

1 Ответ

0 голосов
/ 03 июля 2019

Если я правильно понимаю, вы хотите добавить метки к каждой строке тепловой карты. Тогда вы можете использовать аргумент labels_row из pheatmap(): 

library(pheatmap)
library(RColorBrewer)

pheatmap(log10(line_tab[, -(1:2)] + 1), 
    color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ="Oranges")))(100),
    fontsize = 8, cluster_cols = FALSE, cluster_rows= FALSE, 
    cellwidth = 15, cellheight = 5, 
    fontsize_row = 5, main = "LINEs length",
    labels_row = line_tab$Lengths, 
    filename = "heat_map.png", heigh = 1.75, width = 2.8)

enter image description here

Дайте мне знать, пожалуйста, это то, что вам нужно получить.

Обратите внимание, что pheatmap(log10(line_tab+1),...) не будет работать, потому что pheatmap() требует числовой матрицы. Вот почему мне пришлось исключить первые два столбца.

...