Исключая системные каталоги из загрузки или доступа для всех, кто использует систему авторизации SVN, вы можете настроить файл аутентификации или настроить доступ LDAP, если у вас настроен сервер LDAP, и настроить SVN через SSH для повышения безопасности.
Я бы также рассмотрел вопрос о сохранении конфигурации системы в другом хранилище и заблокировал ее от нежелательного доступа.
В этой ситуации лучше протестировать изменения локально, а затем загрузить их в репозиторий, поэтому, если вы все испортили, вы еще не сделали неправильную ревизию.
В любом случае, не очень безопасно хранить системные файлы в системе управления версиями, однако, рассмотрите следующий сценарий: вы испортили конфигурацию и сделали свою машину не загружаемой, вы сохранили испорченную конфигурацию в SVN, теперь вам нужно:
- физический доступ к затянутой машине
- восстановление через svn с использованием загружаемой операционной системы
- уничтожить ревизию, вызвавшую проблему
Конечно, если вы справитесь со всеми этими трудностями, это может быть решением, но не самым безопасным.
Если вам действительно необходимо постоянно обновлять конфигурацию вашей системы, вам лучше связать файлы, которые вы обновляете, из другого каталога, например:
/etc/apache -> /usr/local/etc/apache
и вместо этого вы улучшите их версию, сохраняя / etc в чистоте
В качестве последнего соображения: вы НЕ думаете о включении этого сервера / репозитория в Интернет. (это был не вопрос: D)