/var/lib/flatpak/ & ~/.local/share/flatpak/ - это место установки системы и пользователя для установленных сред выполнения (например, org.gnome.Platform) и приложений (например, org.gnome.gitg).Каталог repo/, в котором хранятся все двоичные файлы с контрольной суммой, похож на git-репо.Они не являются файлами сборки, если вы не включите загруженную org.gnome.Sdk//master среду выполнения, которая будет установлена здесь.Но SDK является общим и не относится к gitg.
Если вы собрали с flatpak-builder, они бы находились в папке с именем .flatpak-builder и папкой build (как вы ее называли).Поэтому, если вы выполнили следующее в каталоге, например ~/gitg-build-folder/:
flatpak-builder --force-clean --repo=gitg-repo build org.gnome.gitgDevel.json
Delete ~/gitg-build-folder/build & ~/gitg-build-folder/.flatpak-builder, чтобы удалить все файлы сборки, созданные во время сборки gitg.
Если вы неНе нужно ничего строить в будущем, вы можете удалить org.gnome.Sdk//master, однако, многие файлы не дублируются, так как org.gnome.Platform также установлен.У вас также может быть установлено расширение *.Debug SDK, которое займет много места.
Ответ на двойной вопрос на Flatpak GitHub: https://github.com/flatpak/flatpak/issues/2945#issuecomment-499498706