aws configure get извлекает значения из вашего локального файла конфигурации AWS. Я бы рекомендовал хранить нужные значения в переменных окружения. Затем вы можете использовать их в java через System.getenv и по-прежнему использовать их в своих командах CLI, используя переменные ENV вместо извлечения значений из файла конфигурации. Это сделает ваш код более переносимым, поскольку это не будет зависеть от того, будет ли в комплекте с ним файл конфигурации AWS.
Если вам нужен доступ к значениям как из файла конфигурации, так и из кода, вы можете написать быстрый скрипт, например bash, чтобы скопировать значения из конфигурации и добавить их как ENV-переменные. Другой вариант - использовать системные свойства Java, если вы хотите установить значения во время выполнения.