Как я могу заставить сериализатор печатать оригинальные цитаты тоже?
Не с высокоуровневым API. Цитирование спецификации :
Скалярный стиль является деталью представления и не должен использоваться для передачи информации о содержимом, за исключением того, что простые скаляры различаются с целью разрешения тегов.
API высокого уровня реализует весь процесс загрузки YAML, предоставляя вам только содержимое файла YAML без какой-либо информации о деталях презентации, как того требует спецификация.
При этом вы можете использовать низкоуровневый API, который сохраняет детали представления:
final Yaml yaml = new Yaml();
final Iterator<Event> events = yaml.parse(new StreamReader(new UnicodeReader(
new FileInputStream(new File("test.yml"))).iterator();
final DumperOptions yamlOptions = new DumperOptions();
final Emitter emitter = new Emitter(new PrintWriter(System.out), yamlOptions);
while (events.hasNext()) emitter.emit(events.next());
Однако имейте в виду, что даже это не сохранит каждую деталь презентации вашего ввода (например, отступы и комментарии не будут сохранены). SnakeYaml не выполняет циклическое переключение и поэтому не может сохранить точную структуру ввода.