Если вы планируете использовать flex, я бы посоветовал вам разбить ваш контейнер на две колонки, что облегчает это.Это тестовый код, который я сделал, чтобы достичь этого.Надеюсь, это поможет вам.
HTML
<div class="d-flex flex-row">
<div class="d-flex flex-column mr-1">
<div class="big-box">
BOX 1
</div>
<div class="big-box">
BOX 2
</div>
<div class="big-box">
BOX 3
</div>
<div class="big-box">
BOX 4
</div>
</div>
<div class="d-flex flex-column">
<div class="small-box">
BOX 5
</div>
<div class="small-box">
BOX 6
</div>
</div>
</div>
CSS
.d-flex {
display: flex;
}
.flex-row {
flex-direction: row;
}
.flex-column {
flex-direction: column;
align-items: center;
}
.big-box {
background-color: green;
width: 400px;
height: 100px;
margin: 2px 0;
padding: 10px;
}
.small-box {
background-color: orange;
width: 300px;
height: 100px;
margin: 2px 0;
padding: 10px;
}
.mr-1 {
margin-right: .5rem;
}
JS Fiddle Link: https://jsfiddle.net/SJ_KIllshot/uvr0hzkw/