GitHub не обеспечивает именно то, что вы хотите, но он предоставляет некоторые аналогичные функции.
Во-первых, если ваша организация использует единый вход в SAML, тогда для SSO должен быть явно включен ключ SSH, прежде чем он сможет получить доступ к репозиториям для этой организации. Точно так же токены личного доступа должны быть включены и для единого входа. Для обратного не предусмотрено никаких функций, которые не позволяют учетным данным с поддержкой организации получать доступ к личным ресурсам.
Во-вторых, если у вас есть автоматизированная система, такая как сервер CI, которой требуется доступ только к одному репозиторию, вы можете создать ключ развертывания SSH для доступа только к этому репозиторию. Это не очень хороший инструмент для людей, потому что ему не хватает прослеживаемости, но это хороший инструмент для автоматизированных систем.
Кроме того, нет, GitHub не предоставляет то, что вы ищете.