Ответ зависит от того, где он установлен и что вы хотите изменить.Если опция установлена в вашем локальном репозитории, и вы хотите отменить ее, тогда достаточно git config --unset core.hooksPath, чтобы сбросить ее, что заставит Git выбрать опцию по умолчанию.
Если опция установлена на более высоком уровнеконфигурации (например, для пользователя или для системы), и вы не хотите удалять его из этого местоположения, только переопределите его для этого хранилища, вы можете использовать git config core.hooksPath .git/hooks, если вы находитесь в не-пустом хранилище или git config core.hooksPath hooks если вы находитесь в пустом хранилище.
С git-config(1):
Путь может быть абсолютным или относительным.Относительный путь берется относительно каталога, в котором выполняются перехватчики.
From githooks(5):
Прежде чем Git вызывает перехватчик, он меняет свой рабочий каталог.либо $ GIT_DIR в пустом хранилище, либо в корень рабочего дерева в не пустом хранилище.
Отсюда и требование .git/hooks в не пустом хранилище и hooks вголый.