Используйте эквалайзер фильтр.
Пример ослабления 10 дБ при 1000 Гц с полосой пропускания 200 Гц и ослабления 5 дБ при 8000 Гц с полосой пропускания 1000 Гц:
ffmpeg -i input.mp3 -af equalizer=frequency=1000:width=200:width_type=h:gain=-10,equalizer=frequency=8000:width=1000:width_type=h:gain=-5 output.wav
Или вы можете сделать это в одном экземпляре фильтра с помощью фильтра anequalizer .