Если вы используете pom, убедитесь, что вы используете правильную зависимость, как написано здесь .
<dependency>
<groupId>net.sourceforge.owlapi</groupId>
<artifactId>owlapi-distribution</artifactId>
<version>5.1.0</version>
</dependency>
Если вы используете jar-файл, как вы точно написали, поэтому убедитесь, что выдобавил его правильно, как написано здесь
После этого убедитесь, что вы импортировали правильный пакет в ваш класс.А также, убедитесь, что вы загрузили все, что вам нужно, например , что
Для начала строки в вашем вопросе, вам нужно импортировать
import org.semanticweb.owlapi.apibinding.OWLManager;
import org.semanticweb.owlapi.model.OWLOntologyManager;
А лучше, попробуйтеиспользуйте maven, как было написано здесь