Вы пытались очистить кеш браузера? Или попробуйте использовать браузер на другом компьютере или просто другой браузер (FF против IE для isntance). Фавикон будет кешировать и сводить вас с ума, когда он действительно изменился.
Другая вещь, которую нужно проверить, это проверить, работает ли у вас более одного портала на вашем экземпляре DNN. Если у вас более одного портала, вы можете использовать разные значки для каждого портала, поместив его в корень портала, а не в основной веб-корень.