Я предполагаю, что вы говорите о ClickOnce. Приложения ClickOnce полностью изолированы друг от друга (если вы не используете FullTrust).
Если два приложения знают друг о друге, вы можете выполнить Process.Start, используя объект ProcessStartInfo, для которого UseShellExecute установлено значение true, а имя файла - полный веб-путь к файлу приложения второго приложения. Это обеспечит его работу, даже если второе приложение еще не загружено. Вы можете передать параметры в строке запроса и получить их из ApplicationDeployment.ActivationUri.
Это довольно хакерски - вы можете подумать, возможно ли объединить приложения ...