Вот один из способов
idx=np.all(np.vstack(a)==np.array([0,0,5]),1)
a1=np.vstack(a)
a1[idx]=[0,0,0]
yourary=a1.reshape(2,-1,3)
Out[150]:
array([[[0, 0, 0],
[0, 0, 1],
[0, 0, 0],
[0, 0, 0]],
[[0, 0, 0],
[0, 0, 1],
[0, 0, 0],
[0, 0, 0]]])
Ввод данных
a
Out[133]:
array([[[0, 0, 0],
[0, 0, 1],
[0, 0, 5],
[0, 0, 5]],
[[0, 0, 0],
[0, 0, 1],
[0, 0, 5],
[0, 0, 5]]])