R: [пакет Indicspecies] функция мультипатта: извлечение значений из summary.multipatt

Question

Я работаю с пакетом 'indicspecies' - функцией multipatt и не могу извлечь итоговые значения пакета. К сожалению, я не могу распечатать все резюме, и у меня остается беспристрастная информация для моей модели. Причина заключается в огромном количестве данных, которые необходимо распечатать из резюме (300 000 различных видов, 3 группы, 6 сопоставимых комбинаций).

Это то, что происходит с сохранением сводки (включая предварительный код):

x <- multipatt(data, ...) 

sumx <-summary(x)

sumx 

NULL

str(sumx) 

NULL

Итак, резюме не работает так же, как общее резюме. Похоже, что функция основана на более старой функции indval из пакета 'labdsv' (которая упоминается в документации). Я нашел архивную ветку, где обсуждается похожая проблема: http://r.789695.n4.nabble.com/extract-values-from-summary-of-function-indval-of-the-package-labdsv-td4637466.html

но, похоже, он не решен (и это не совсем та же функция, а базовая функция indval)

Мне было интересно, имеет ли кто-нибудь опыт работы с пакетом indicspecies и знает, как извлечь информацию из резюме.

Можно извлечь значимость и другую информацию из других сохраненных данных из модели, но было бы неплохо просто получить быстрый полный обзор этих данных.

пс. Я пытался

options(max.print=1000000)

но это не решило это для меня.

Answer 1

Я использую для захвата вывода summary для объекта multipatt, но больше не делаю, потому что значения p, о которых сообщается, не исправлены для многократного тестирования. Чтобы ответить на вопрос ОП, вы можете получить итоговый вывод, используя capture.output

ех. dat.multipatt.summary<-capture.output(summary(dat.multipatt, indvalcomp=TRUE))

Опять же, я не рекомендую это. Очень важно исправлять p-значения для множественного тестирования, поэтому вывод summary на самом деле не помогает. Чтобы быть понятным ?multipatt говорится:

"знак Таблица данных с результатами наилучшего шаблона сопоставления, значением ассоциации и степенью статистической значимости ассоциации (т. Е. P-значения из теста перестановки). Обратите внимание, что p-значения не корректируются для нескольких тестирование . "

Я только что опубликовал ответ о том, как исправить p-значения здесь https://stats.stackexchange.com/questions/370724/indiscpecies-multipatt-and-overcoming-multi-comparrisons/401277#401277

Answer 2

У меня нет опыта работы с этим пакетом, и, поскольку вы не предоставили данные, их сложно воспроизвести. Но так как Summary возвращает NULL, вы уверены, что ваш x вычислен правильно? Проверьте object.size или class или что-то еще из x, чтобы увидеть, действительно ли оно содержит какой-либо контент. Кроме того, вместо одновременного доступа ко всему содержимому summary(x), вы можете использовать @ для доступа к его слотам (аналогично $ в кадре данных).

Если вам нужна дополнительная помощь, было бы лучше предоставить хотя бы небольшое подмножество или другие примеры данных, чтобы сообщество могло работать с ним.