Вы можете использовать общее табличное выражение для объединения столбцов, а затем выбрать макс.
;with cteUnionPunch(Emp_id, both_punch) AS
(
SELECT Emp_id, In_Punch FROM trans_punch
UNION ALL
SELECT Emp_id, Out_Punch FROM trans_punch
)
SELECT Emp_id, max(both_punch) FROM cteUnionPunch GROUP BY Emp_id