Я могу выполнить запрос, подобный вашему, с помощью DynamicParameters
var ids = Enumerable.Range(1, 100).ToList();
var parameters = new DynamicParameters();
parameters.Add("@ids", ids);
var recs = cnn.Query<City>("SELECT * FROM Cities Where IDCity in @ids", parameters);
Это заставляет меня думать, что (как уже объяснено в комментарии выше) проблема в пропущенном new {ids} так что это может быть просто
var resultTwo = Connection.Query<MyObject>(query, new { ids} )?.ToList();