Как я могу реализовать таймер в моем скрипте, чтобы функция shutil copytree запускалась и копировала файлы только в течение определенного количества секунд, а затем либо останавливала скрипт, либо делала что-то еще?
Прямо, вы не можете.
Косвенно, вы можете просто взять код для shutil.copytree из источника , потому что это довольно просто, и добавить к нему ограничение по времени.
shutil.copytree
Имейте в виду, что вы получите неполную копию, если перестанете копировать в произвольный момент.