жестко закодированный вывод без расширения в Snakefile - PullRequest
Новая
       15

жестко закодированный вывод без расширения в Snakefile

0 голосов
/ 21 марта 2019

У меня есть Snakefile следующим образом: 

SAMPLES, = glob_wildcards("data/{sample}_R1.fq.gz")
rule all: 
    input:
        expand("samtools_sorted_out/{sample}.raw.snps.indels.g.vcf", sample=SAMPLES), 
        expand("samtools_sorted_out/combined_gvcf")
rule combine_gvcf:
    input: "samtools_sorted_out/{sample}.raw.snps.indels.g.vcf"
    output:directory("samtools_sorted_out/combined_gvcf")
    params: gvcf_file_list="gvcf_files.list",
            gatk4="/storage/anaconda3/envs/exome/share/gatk4-4.1.0.0-0/gatk-package-4.1.0.0-local.jar"
    shell:"""
        java -DGATK_STACKTRACE_ON_USER_EXCEPTION=true \
            -jar {params.gatk4} GenomicsDBImport \
            -V {params.gvcf_file_list} \
            --genomicsdb-workspace-path {output}
       """

Когда я тестировал его с пробным прогоном, я получил ошибку: 

RuleException in line 335 of /data/yifangt/exomecapture/Snakefile:
Wildcards in input, params, log or benchmark file of rule combine_gvcf cannot be determined from output files:
'sample'

Есть два места, где мне нужна помощь:

  1. {output} - это папка, которая будет создана частью оболочки;
  2. Папка {output} была жестко запрограммирована вручную в соответствии с требованиями командной строки (а содержимое заранее неизвестно).

Проблема, похоже, в том, что {output} без расширения по сравнению с {input}, который делает. Как мне справиться с этой ситуацией? Большое спасибо!

...