В более старой версии NPM (5.0.0 или более ранней) вы должны были добавить --save как флаг к установке npm как:
npm i package-name --save
И это добавит его в ваш пакет.json.Начиная с 5.0.0 и позже, он автоматически добавляет его в файл пакета.
Чтобы ответить на ваш вопрос, да, вам придется добавлять их по одному на данный момент.И имейте в виду то, что я сказал ранее, потому что, если вы используете более старую версию NPM, убедитесь, что вы используете --save при установке, чтобы вам не пришлось выполнять дополнительную работу: -)