Я не знаком с JGraphT, но есть две проблемы, о которых я могу подумать.
Во-первых, что означает, что два набора ребер эквивалентны? Что делает два ребра эквивалентными? Если я создаю граф и создаю идентичный граф отдельно, оба могут иметь одинаковую структуру. Но если сравнение ребер двух совпадающих ребер использует идентификаторы узлов, эти два ребра не будут «равны».
Во-вторых, я отметил это в JavaDocs:
"Реализация графа может поддерживать определенный порядок упорядочения (например, через LinkedHashSet) для детерминированной итерации, но это не требуется. Ответственные лица, полагающиеся на это поведение, используют только реализации графа, которые его поддерживают."
Я бы постарался (по крайней мере, для здравого смысла) убедиться, что два набора содержат друг друга, так как возможно, что equals не реализован правильно (например, это может принять во внимание порядок).