Вы должны перепроверить ваши конфиги и убедиться, что вы правильно установили base_url в вашем config.php, чтобы это было примерно так:
$config['base_url'] = 'http://localhost/YOUR_PROJECT_DIRECTORY/';
enable mod_rewrite и убедитесь, что ваш .htaccess находится в вашем FCPATH и так просто:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
наконец удалите ваш index.php в вашем config.php, если вы не используете его следующим образом:
$config['index_page'] = '';
и вы готовы к работе, загрузите url_helper в свой контроллер:
$this->load->helper(['url']);
теперь вы можете использовать base_url правильно, где вы хотите:
<link href="<?= base_url('resource/css/bootstrap.min.css') ?>" rel="stylesheet" />
Просто сделайтеубедитесь, что этот путь правильный и в вашем браузере inspect>console, чтобы увидеть, загружен ли он.