Вероятно, подавляющее большинство приложений на основе tk размещает все компоненты в корневом окне по умолчанию. Это самый удобный способ сделать это, так как он уже существует. Выбор, чтобы скрыть окно по умолчанию и создать свое собственное, является прекрасной вещью, которую нужно сделать, хотя это требует лишь небольшой дополнительной работы.
Чтобы ответить на конкретный вопрос о том, как его скрыть, используйте метод изъятие корневого окна:
import Tkinter as tk
root = tk.Tk()
root.withdraw()
Если вы хотите снова сделать окно видимым, вызовите метод deiconify (или wm_deiconify).
root.deiconify()
Как только вы закончите с диалоговым окном, вы можете уничтожить корневое окно вместе со всеми другими виджетами tkinter с помощью метода destroy :
root.destroy()