Вы можете использовать $_SERVER['REQUEST_URI']
, чтобы получить полный URL и проверить, соответствует ли он index.php. Когда последняя часть URL совпадает с index.php, вы можете отправить содержимое по умолчанию. Во всех остальных случаях было бы идеально отправить HTTP-код состояния 404 и отправить желаемый текст.
Или вы измените правила переписывания на определенный скрипт php и отправите туда сайт 404