Проблема в том, что во время цикла вы переопределяете переменную final
каждый раз, когда индекс делится на 3.
Вместо этого попробуйте определить конечную переменную перед началом цикла и добавляйте буквы по мере их зацикливания, и только тогда, когда их индекс НЕ делится на 3 (таким образом, игнорируя те, где индекс делится на 3).
Как-то так должно работать:
string = input()
final = ""
for i in range(len(string)):
if i % 3 != 0:
final += string[i]
print(final)