pywinauto может использовать Windows Automation API (a.k.a. UI Automation API) по вашему выбору. Он взят из нативного UIAutomationCore.dll с использованием нативных интерфейсов COM (аналог UIAComWrapper для .NET для устранения ошибок, специфичных для .NET).
Все это описано в Руководстве по началу работы . Все, что вам нужно, это использовать Application(backend="uia"). Бэкэнд по умолчанию все еще "win32", который будет изменен в следующем основном выпуске.