Вы не хотите добавлять системные включающие пути. Вместо этого вы захотите добавить пути включения в ваше дерево emscripten.
Из строки 1042 из tools/shared.py
это выглядит так:
c_include_paths = [
path_from_root('system', 'include', 'compat'),
path_from_root('system', 'include'),
path_from_root('system', 'include', 'SSE'),
path_from_root('system', 'include', 'libc'),
path_from_root('system', 'lib', 'libc', 'musl', 'arch', 'emscripten'),
path_from_root('system', 'local', 'include')
]
cxx_include_paths = [
path_from_root('system', 'include', 'libcxx'),
path_from_root('system', 'lib', 'libcxxabi', 'include')
]