Я пытаюсь установить пакет WGCNA, используя BiocManager :: install ('WGCNA').Кажется, он работает до тех пор, пока мне не придется обновить пакет «Надежный», после чего я получаю серию сообщений об ошибках.
Установка Homebrew помогла мне немного продвинуться в установке WGNCA.Я также попытался установить надежный отдельно, но получил те же сообщения об ошибках.
Ошибка всегда возникает, когда я делаю следующее: Обновлять старые пакеты: 'надежный' Обновлять все / некоторые / нет?[a / s / n]: a
Я получаю такой результат: Доступна бинарная версия, но более поздняя версия источника: бинарный источник Нужна_компиляция надежная 0,4-18 0,4-18,1 ИСТИНА
Когда я пытаюсь: Вы хотите установить из исходников пакет, который требует компиляции?(Да / нет / отмена) да установка исходного пакета «надежный»
Кажется, это работает: пробуем URL 'http://cran.us.r -project.org / src / contrib /robust_0.4-18.1.tar.gz '
Тип содержимого' application / x-gzip 'длина 233426 байт (227 КБ)
загружено 227 КБ
* installing *source* package ‘robust’ ...
** package ‘robust’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include -fPIC -Wall -g -O2 -c compatibility.c -o compatibility.o
gfortran -fPIC-Wall -g -O2 -c gamrob.f -o gamrob.o gamrob.f: 1752: 0:
Но тогда я получаю это:
1752 |rlpsis = ps1 * s1 * ans |Предупреждение: «ps1» может использоваться неинициализированным в этой функции [-Wmaybe-uninitialized] gamrob.f: 1743: 0:
[куча других предупреждений]
wblrob.f:1237:0: Warning: 'alf1' may be used uninitialized in this function [-Wmaybe-uninitialized]
clang -dynamiclib -Wl, -headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L / Библиотека / Рамки / R.framework / Ресурсы / lib -L / usr / local / lib -o robust.so совместимость.o gamrob.o glmrob.olmrobbi.o lmrobfs.o lmrobml.o lmrobmm.o mmprnt.o rb.o tdmean.o tmlfor.o wblrob.o -L / Библиотека / Каркасы / R.framework / Ресурсы / lib -lRlapack -L / Библиотека / Каркасы /R.framework / Resources / lib -lRblas -L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -L /usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 -L / usr / local / gfortran / lib -lgfortran -lquadmath -lm -F / библиотека / рамки / R.framework / .. -frameworkR -Wl, -framework -Wl, CoreFoundation ld: предупреждение: каталог не найден для опции '-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0' ld: warning: каталог не найден для опции '-L / usr / local / gfortran / lib' ld: предупреждение: каталог не найден для опции '-L / usr / local / gfortran / lib / gcc / x86_64-apple-darwin15 / 6.1.0 'ld: warning: каталог не найден для опции' -L / usr / local / gfortran / lib 'ld: библиотека не найдена для -lgfortran clang: error: сбой команды компоновщика с кодом выхода 1 (используйте -v для просмотра вызова)make: *** [robust.so] Ошибка 1
И в конечном итоге:
ERROR: compilation failed for package ‘robust’
* удаление '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/надежный '* восстановление предыдущего' /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/robust'
Загруженные исходные пакеты находятся в '/ private / var / folder / 92 / 8zt66ybn5013yz2kvlcm67y40000gp / T/ RtmpJEboUj / download_packages 'Предупреждение: в install.packages (update [instlib == l, "Package"], l, repos = repos,: установка пакета' robust 'имеет ненулевой статус выхода
Буду очень признателен за любую помощь в этом вопросе!Я очень плохо знаком с R и программированием в целом, поэтому заранее прошу прощения за любые глупые вопросы (и буду признателен за любые советы, чтобы сделать их менее глупыми).Спасибо!