Самый надежный способ - использовать chroot: запустить make make внутри тюрьмы chroot; вычислите список файлов, которые у вас были до установки, и сравните его со списком файлов после установки.
Многие установки поддерживают либо параметр конфигурации --prefix, и / или переменную среды DESTDIR. Вы можете использовать их для более легкой версии chroot (полагая, что установка не удастся, если она попытается выполнить запись в другое место, если вы запускаете установку как непривилегированный пользователь).
Другой подход заключается в замене программы установки. Многие пакеты поддерживают переменную среды INSTALL, которая, в общем, является программой установки; Есть версии трассировки установки.