Я никогда не видел, чтобы контрагент поставлял какой-либо FIXML или XSD - мы всегда начинаем с FIX4X.xml и настраиваем его в соответствии со спецификацией контрагента, которая обычно представляет собой PDF.
Я всегда оставлял в необязательных полях, если они не влияют на мою обработку, но я могу видеть значение, например, в исключении связанных с облигациями полей в соединении, которое сертифицировано только для акций, так что если связи начнут течь вниз, вы получаете отказ и знаете, что что-то не так.