Если вы находитесь в роскошной ситуации, чтобы начать проект с EE6, то я бы предложил пионер.
В течение короткого времени будет иметь значение не только общий опыт (скажем, EE6 станет зрелым и широко используется менее чем через два года, представьте группу экспертов по Java EE6, когда все компании перейдут на другую версию), но EE6 просто прост проще, чем EE5, поэтому, если у вас есть члены команды, имеющие небольшой опыт работы с Java EE, вы, вероятно, справитесь со своей работой быстрее.
Уже есть книга по Java EE6 с Glassfish v3, и основы не , что отличается от предыдущей версии (т. Е. Если вы придерживаетесь того, что знаете из EE5, вам подойдет долго). Glassfish v3 вполне подходит, если вам нужен RI для Java EE6.
Какие сторонние библиотеки вам нужны?