SSIS имеет специальные инструменты, разработанные для этого. Тем не менее, я думаю, что SSIS является ловушкой, и я бы решил написать свое собственное приложение для выполнения этой работы.
Но я знаю множество людей, у которых нет проблем с регулярным выполнением подобных вещей через SSIS, поэтому я бы порекомендовал начать с этого, если у вас нет выбора домашнего решения.