Как установить R-magic в jupyter-ноутбук? - PullRequest
Новая
       33

Как установить R-magic в jupyter-ноутбук?

0 голосов
/ 14 апреля 2019

Я создал новую среду в jupyter под названием «rpy2» и пытаюсь использовать магию %%R, но установка не удалась.

QN: Как использовать магию %% R в jupyter-notebook?

Платформа: MacOS High Sierra

Steps 

jupyter kernelspec list
conda create -n rpy2 python=3.7
source activate rpy2
which pip
/Users/poudel/miniconda3/envs/rpy2/bin/pip install rpy2
conda install ipykernel
python -m ipykernel install --user --name rpy2 --display-name "Py37rpy2"
jupyter-notebook

Проблемы 

# Now 
import rpy2 shows no error
import rpy2.rinterface  # gives error

Примечание 

# I have checked all the files given in error log, all of them exist
  492  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  493  ls /usr/lib/libiconv.2.dylib
  494  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  495  /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  496  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib

All shows given file, and none is missing.

Ошибка

Ошибка OSE: невозможно загрузить библиотеку '/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib':dlopen (/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib, 2): символ не найден: _libiconv Ссылка на: /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib Ожидается в: /usr / lib / libiconv.2.dylib в /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib

Обновление Как предложено @akrun, я попытался использовать pyper но загрузка библиотеки занимает бесконечное время, а при остановке показывает, что она порвала трубу.

pip install pyper.

enter image description here

...