Да, вы можете уничтожать определенные ресурсы, по одному за раз.
По примеру Terraform Azure SQL: https://www.terraform.io/docs/providers/azurerm/r/sql_database.html
Когда ресурсы созданы, они регистрируются в файле состояния terraform.
Вы можете перечислить ресурсы в файле состояния:
$ terraform state list
azurerm_resource_group.test
azurerm_sql_database.test
azurerm_sql_server.test
Затем вы можете уничтожить базу данных sql только с помощью этой команды:
$ terraform destroy -target=azurerm_sql_database.test