Если ваша инициализация создает только простые пары ключ-значение, тогда будет достаточно любого способа сериализации данных. В противном случае XML, вероятно, является худшим вариантом для вашего случая. Возможно, вам придется приложить много усилий, чтобы получить ту же структуру данных во втором сценарии. Это происходит потому, что по умолчанию xml-модули не знают, каким должен быть атрибут, дочерний узел или массив узлов. Например, передача одного элемента массива хэшей в xml из первого скрипта может превратиться в один хэш во втором скрипте. Результаты будут сильно зависеть от модулей xml, параметров, которые вы передаете им, и от самих данных.
JSON не должно быть таких проблем. У него могут быть ненужные преобразования типов, но вы не должны их замечать.
Сохраняемость гарантирует, что вы получите те же данные во втором сценарии.
Возможно, вы найдете Data :: Dumper более простым решением. Но у него есть некоторые проблемы с безопасностью, так как вам нужно выполнить его вывод во втором скрипте.
Все вышеперечисленное не предназначено для использования с данными, содержащими ссылки на себя и что угодно, кроме scalars, arrayrefs и hashrefs.