Neo4j создание кода и создание метаболической схемы - PullRequest
Новая
       9

Neo4j создание кода и создание метаболической схемы

0 голосов
/ 09 марта 2019

У меня есть два вопроса, с которыми мне нужна помощь.Я довольно новый с Neo4j.У меня довольно сложный метаболический путь.Около 1000 реакций.Я написал их в файле .dat.И это выглядит примерно так: 

1 : A + B --> C
2 : A --> D
3 : C --> D
4 : D --> E + H

И я хочу написать код для Neo4jp в отдельном файле .dat, который выглядит примерно так 

CREATE(A:Molecule {name: A}),
(B:Molecule {name: B}),
(C:Molecule {name: C}),
(D:Molecule {name: D}),
(E:Molecule {name: E}),
(H:Molecule {name: H})

(r1:Reaction {name:1}),
(A)-[:SUBSTRATE]->(r1),
(B)-[:SUBSTRATE]->(r1),
(r1)-[:PRODUCES]->(C),


(r2:Reaction {name:2}),
(A)-[:SUBSTRATE]->(r2),
(r2)-[:PRODUCES]->(D),
 etc...

Пока у меня есть 

try = open('Try.dat','w')
try.write('CREATE')
for i in range(1,1000):
    try.write('(%s%s {%s: %s})' %(metabolite[i].name, ':Molecule', 'name', metabolite[i].name))
    try.write('\n')
for i in range(1,1000):
    try.write('(%s%s:%s {%s:%s})' %('r', i, 'Reaction', 'name', i))
    try.write('\n')

try.close()

Но я застрял в создании реакционной части. Я понятия не имею, как сказать, что субстраты находятся на правой стороне стрелки и производят то, что находится на левой стороне стрелки.

Любая помощь будет принята с благодарностью.

...