Rmarkdown зависает при использовании knit_child - PullRequest
Новая
       33

Rmarkdown зависает при использовании knit_child

1 голос
/ 06 июня 2019

У меня есть код Rmarkdown для создания отчета по нескольким параметрам.Поэтому я использую функцию knit_child в цикле, где первая итерация выполняется нормально, но затем она бесконечно зависает и никогда не начинает вторую итерацию.

На моем рабочем столе (Ubuntu 18.04) код работает нормально, а PDFотчет генерируется, но на нашем сервере (CentOS Linux выпуск 7.1.1503 (Core)) появляется упомянутая проблема.Основываясь на некоторых исследованиях, я попытался обновить pandoc (до версии 2.7.2), но проблема сохраняется.Нет разницы, запускаю ли я свои скрипты из командной строки или RStudio. 

for (spec in params$species) {
    out = tryCatch(c(out, knit_child('child.Rmd')), error = function(e) e)
    if (inherits(out, "error")) {
      next
    }
  }

Ошибок нет, скрипт просто не переходит на следующую итерацию.Если я предоставлю только один species, PDF будет сгенерирован, но нет, если я хочу просмотреть несколько.

...