Как я могу использовать read.fasta, чтобы загрузить много последовательностей, которые хранятся в папке, а затем запустить программу для всех этих файлов.(петля)

Question

Мне нужна твоя помощь.У меня есть одна папка, в которой хранится много файлов выравнивания.Я хочу использовать программу на R и запустить ее для всех файлов, которые хранятся в моей папке.Итак, я не знаю, как зациклить мой сценарий

    #Here I set my working directory

    w.d <- '/share/Part1/icruz/data/orthofinder_all/all_solanaceas_protein_cds_correction/cafe_headers/Results_Apr15/cds_extractions/Rmultiplefiles'

    setwd(w.d)

    cds.fa <- read.fasta( '/share/Part1/icruz/data/orthofinder_all/all_solanaceas_protein_cds_correction/cafe_headers/Results_Apr15/cds_extractions/all_cds_solanaceae.fasta', seqtype="DNA", strip.desc=T, as.string=T ) 

    # Here is the problem because I do not know how to read all the fasta files instead of set manually one by one

    msa.aa <- read.fasta( '/home/icruz/data/orthofinder_all/all_solanaceas_protein_cds_correction/cafe_headers/Results_Apr15/cds_extractions/Rmultiplefiles/*.fa', seqtype="AA", strip.desc=T, as.string=T ) 

    #Also I need to modify the headers in all my fasta files
    names(msa.aa) 
    msa.san <- msa.aa
    names(msa.san) <- sub("^.*_", "", names(msa.aa))
    names(msa.san)

    #THIS IS THE PROGRAM THAT I NEED TO LOOP once I have load all my fasta files
    cds.msa <- alignCDSSetWithAlignedAAsAsGuide(cds.fa, msa.san)