Для такой полной очистки вам нужно создать новый репозиторий и удалить старый.
Я мог бы дать вам ответы о запуске сбора мусора, очистке журнала и поиске других мест.где Git хранит удаленные коммиты некоторое время, но с вопросом, который вы задаете, я настоятельно рекомендую новое репо.
Особенно, если вы используете GitHub или какой-либо другой онлайн-сервер Git, полная очистка старых коммитовне легко.