Я нашел решение в документе для Plotly.restyle :
В рестайле предполагается, что массивы используются вместе с указанными индексами трассировки. Поэтому, чтобы применить массив в качестве значения , вам нужно заключить его в дополнительный массив. Например:
// update two traces with new z data
var update = {z: [[[1,2,3], [2,1,2], [1,1,1]], [[0,1,1], [0,2,1], [3,2,1]]]};
Plotly.restyle(graphDiv, update, [1, 2])