Проверьте это:
SET @val = 'https://stackoverflow.com//questions/';
select
concat(
substr(@val, 1, instr(@val, '//') + 1),
replace(substr(@val, instr(@val, '//') + 2),'//', '/')
)
заменяет все вхождения //
после 1-го на /
Смотрите демо
Таким образом, вы можете использовать его в обновлении:
update tablename
set mycolumn = concat(
substr(mycolumn, 1, instr(mycolumn, '//') + 1),
replace(substr(mycolumn, instr(mycolumn, '//') + 2),'//', '/')
)