Если ваши версии действительно настолько отличаются, то я бы посчитал их совершенно отдельными проектами, хотя, возможно, в одном и том же хранилище, с точки зрения контроля версий.
Для продвижения копии сайта из системы управления версиями в работающую систему я бы создал простой скрипт, который получает правильную версию проекта из системы управления исходными кодами, удаляя ненужные ненужные файлы, а затем передает результат в сайт. Конечно, это усложняется, если ваше приложение модифицировало файлы в каталоге, содержащем файлы html / script, так как вы должны быть осторожны, чтобы не заморозить необходимые изменения, сделанные через приложение, когда вы применяете новую версию.
Для баз данных я храню сценарии сборки (необходимые для создания новой базы данных) и сценарии обновления (необходимые для преобразования существующей базы данных из одной версии в другую) в системе контроля версий. Заполненные базы данных, которые я храню в другом месте (или они являются ответственностью клиента, если БД не содержит моих данных).