ob является простым объектом, поэтому его конструктор (то есть obj.constructor) равен Object.__proto__ указывает на внутренний прототип чего-либо, а внутренний прототип простого объекта - Object.prototype.
Если вы немного знакомы с наследованием прототипа, поведение может быть более понятным, если ob был создан с new (просто чтобы посмотреть, как это работает - на самом деле вы не должны использовать new Object):
var ob = new Object();
console.log(ob.constructor.prototype == ob.__proto__);
// same as
console.log(ob.constructor.prototype == Object.prototype);
// same as
console.log(Object.prototype == Object.prototype);
Такое же поведение можно наблюдать для всего, что создано с помощью new - его constructor.prototype будет его __proto__:
class Foo {}
const f = new Foo();
console.log(f.constructor.prototype == f.__proto__);
// same as
console.log(f.constructor.prototype == Foo.prototype);
// same as
console.log(Foo.prototype == Foo.prototype);